神奇宝贝
《神奇宝贝》（ポケットモンスター☆SPECIAL）是由日下秀宪作脚本，真斗和山本智作画的漫画。系列原作为日下秀宪，其前9卷由真斗作画。后真斗因病而不能继续参与创作，山本智接手系列的作画工作，此后一直持续。目前最新章节是“X·Y篇”。全部章节加起来已经连载了500回以上。
精灵宝可梦特别篇的剧情围绕着主系列游戏的剧情展开，包括了漫画主人公在游戏对应地区历险、挑战地区道馆、参加宝可梦联盟、与地区中传说的宝可梦们邂逅的故事。
电子版由哔哩哔哩漫画发布。
创作背景
在创作这一系列时，本着让读者在阅读这一系列漫画作品时拥有一种自己在玩电视游戏的感觉的理念，日下秀宪一直尝试着在作品中加入一些令人惊讶、令人激动的元素。漫画的很多设定，例如漫画中人类创造出的武器、栖息地等都来源于游戏。日下秀宪对漫画最大的期待就是让宝可梦们变得更加有吸引力，让读者更加喜爱他们。为了忠于原作，日下秀宪也一直尝试着平衡训练家和宝可梦们的数目。第10册之后的作画山本智评论说，在他刚刚接手漫画系列的作画工作时，他几乎不了解，但他依旧专注于克丽丝塔儿这一角色的绘画。在一年后，他逐渐对日下秀宪的故事感到惊讶，并向要让自己的绘画给读者带来更好的第一印象。在漫画系列的前四章中，山本智提到一些在丰缘地区发生的灾难是取材于自己喜欢的恐怖片和怪兽电影。
故事内容
特别篇主要描述了各个地区训练家和宝可梦邂逅的故事。其中涉及不断被引入的新人训练家、传说宝可梦、馆主和冠军、反派等，在很大程度上与游戏系列相对应。故事被分为章节、章节下再分为回数。目前已有10个章节完全出版。
登场角色
小智（レッド） 战斗之人。第一位主人公，第九届冠军。最初是一名冲动的年轻训练家，在旅程中渐渐成熟。在第五章结局中被石化。在第六章中被米拉特、克丽丝塔儿、阿金解除石化。 拥有宝可梦： 妙蛙（妙蛙种子→妙蛙草→妙蛙花），皮卡（皮卡丘），蚊香（蚊香蛙→快泳蛙），卡比（卡比兽），暴鲤（暴鲤龙），翼龙（化石翼龙），阿布（伊布） 登场章：第一至三章、第五至六章 登场单行本：1~4，6~7，9~11，13~15，23~26，29 | |
小茂（オーキド・グリーン） 培育之人。头脑冷静，是小智的劲敌。他们的关系在旅程中不断改善。小茂的初学者宝可梦是小火龙。小茂极为擅长培育宝可梦。曾在第九届联盟第二名。在第三章就任常磐训练馆馆长。后来在第五章结局中被石化。在第六章中被阿金和克丽丝塔儿解除石化。 拥有宝可梦： 小火龙→火恐龙→喷火龙，飞天螳螂→巨钳螳螂，哥达鸭，豪力→怪力，比雕，九尾，3D龙，铁甲暴龙→超铁暴龙，胡地，风速狗，椰蛋树 登场章：第一至三章、第五至六章 登场单行本：1~7，9，12~15，23~26，29 | |
小蓝（ブルー） 进化之人。真新镇出生的少女，在5岁时曾被戴面具的男子用凤王抓走，后逃出来。原本是穿着黑色连身裙，于火红、叶绿篇换上全新的服装。个性机智、有点容易得意忘形。后来在第五章结局中被石化。 在第六章中被阿金和克丽丝塔儿解除石化。 拥有宝可梦： 阿龟（杰尼龟→卡咪龟→水箭龟），胖丁→胖可丁，小皮（皮皮→皮可西），小百变（百变怪），小墨（墨海马），尼多（尼多娜→尼多后），布卢→ 布卢皇 登场章：第一至三章、第五至六章 登场单行本：2~3，5~7，13~15，23~26，29 | |
小黄（イエロー） 治愈之人。小黄在常磐森林出生，继承了常磐森林所赐予的特殊能力，这使得小黄可读取宝可梦的思想，治愈它们。曾在常磐森林迷路被小智所救，从而对小智产生好感，后听从小蓝的指示，出发寻找小智。为了保全小智与自己的良好关系，刻意戴上草帽来掩饰她真正的性别。不擅长收服宝可梦，也不喜欢让宝可梦战斗。后来在第五章时，由小智将图鉴交给小黄，并在结局中被石化。在第六章中被阿金和克丽丝塔儿解除石化。 拥有宝可梦： 丘丘（皮卡丘），小拉拉（小拉达→拉达），小嘟嘟（嘟嘟→嘟嘟利），小毛虫（绿毛虫→铁甲蛹→巴大蝶），小菊石（菊石兽→多刺菊石兽），小隆隆（隆隆石→隆隆岩），海刺龙 登场章：第一至三章、第五至六章 登场单行本：3~7，11~15，24~26，29 | |
阿金（ゴールド） 孵化之人。阿金在若叶镇出生，家里住着很多宝可梦，和它们如同家人般的生活在一起，被若叶镇的人称为“宝可梦少年”。个性草率又冒失，但是爱护宝可梦的心却不输给其他人。从空木博士那得到火球鼠。第六章里与克丽丝塔儿受命协助解除小智等人五位图鉴所有者的石化。之后在第九章里受渡所托平息阿尔宙斯的怒火。 拥有宝可梦： 爆太郎（火球鼠→火岩鼠→火暴兽），尾太郎（长尾怪手→双尾怪手），蛙太郎（蚊香蝌蚪→蚊香蛙→牛蛙君），向日太郎（向日种子→向日花怪），胡太郎（胡说树），巨翅太郎（巨翅飞鱼+铁炮鱼群），波克太郎（波克比→波克基古→波克基斯），皮丘 登场章：第三章、第六章、第九章 登场单行本：8，9，12~15，28~29，41—43 | |
阿银（シルバー） 交换之人。阿银是阿金的劲敌，曾被戴面具男子抓走，后和小蓝一块逃离，之后并一直从旁协助小蓝，查出事情的真相。个性冷静，战斗实力强。从空木博士那里偷走小锯鳄，也从大木博士那偷走一个新图鉴。在火红、叶绿篇时被确认是坂木的儿子，并在结局中被石化。在第六章中被阿金和克丽丝塔儿解除石化。 拥有宝可梦： 小锯鳄→蓝鳄→大力鳄，狃拉（狃拉→玛狃拉），黑暗鸦（黑暗鸦→乌鸦头头），海刺龙→刺龙王，圈圈熊，暴鲤龙，班吉拉，超铁暴龙 登场章：第三章、第五至六章、第九章 登场单行本：8~9，12~15，22，24~26，29，41~43 | |
克丽丝塔儿（クリスタル） 捕获之人。克丽丝塔儿是大木博士为了完成图鉴内容找来的捕获专家。擅长使用各式各样的精灵球，其实力甚至被传说中的精灵水君所肯定。于第三章结局完成大木博士完成图鉴的任务。在第六章里与阿金受命协助解除小智等人五位图鉴所有者的石化。 拥有宝可梦： 百万蹦跳（菊草叶→月桂叶→大菊花），风速蹦跳（风速狗），天蹦跳（天然雀→天然鸟），可拉蹦跳（可拉可拉），派拉蹦跳（派拉斯特），艾蹦跳（艾比郎），迷蹦跳（迷唇娃），吸盘魔偶 登场章：第三章、第六章、第九章 登场单行本：10~15，27~29，41~43 | |
路比（ルビー） 路比是橙华道馆馆长千里的儿子，从城都地方搬到丰缘地方，为了挑战华丽大赛而离家出走。虽然很着重外表，但其隐藏的战斗力不可小觑。从小田卷博士那得到水跃鱼。及后与莎菲雅协助平息丰缘地方的两只超古代宝可梦争斗。在第六章与沙菲雅到边疆参加小光表姐的婚礼，并协助米拉特保护基拉祈。 拥有宝可梦： 祖祖（水跃鱼→沼跃鱼→巨沼怪），娜娜（土狼犬→大狼犬），可可（向尾猫→优雅猫），鲁鲁（拉鲁拉斯→奇鲁莉安），米米（笨笨鱼→美纳斯），泡泡（漂浮泡泡），正电拍拍 登场章：第四章、第六章 登场单行本：15~22，27~29 | |
莎菲雅（オダマキ・サファイア） 莎菲雅是小田卷博士的女儿，从父亲那得到火稚鸡，看似十分野性，其实原先是个温柔的少女；她以得到丰缘地方的所有练功场的徽章为目标而和路比定下了为期80天的约定；及后与路比协助平息丰缘地方的两只超古代宝可梦争斗；在第六章与路比到战斗边疆参加小光表姐的婚礼，并协助米拉特保护基拉祈。 拥有宝可梦： 稚稚（火稚鸡→力壮鸡→火焰鸡），多拉拉（可可多拉→可多拉→波士可多拉），艾鲁鲁（吼鲸王），费多多（顿甲），特罗罗（热带龙），基拉拉（古空棘鱼），负电拍拍 登场章：第四章、第六章 登场单行本：15~22，27~29 | |
米拉特（エメラルド） 米拉特是真正的丰缘地方第三个图鉴的拥有者（因第四章图鉴曾被小光拿去）。额头上的“绿宝石”是原先协会打算人工制造作为控制烈空座的媒介——“翠色宝珠”。为了追随水晶而向大木博士自荐成为图鉴拥有者，并在第六章获得向基拉祈“许愿”的任务。有能在一瞬间看出出生地的本领，并且用身上携带的土令宝可梦冷静下来的特技。 拥有宝可梦： 蜥蜴王，夜巨人，胡说树，吸盘魔偶，卡比兽，巨翅飞鱼 登场章：第六章 登场单行本：26~29 | |
戴亚蒙德（ダイヤモンド） 作为相声演员，戴亚蒙德他在与帕尔的相声表演中充当发呆役。在帕尔认真起来的时候，有时会用戴亚蒙德的全名来称呼他。戴亚蒙德经常表现出傻乎乎的样子，并且总是和他的宝可梦们在一起不停地吃东西，和总是元气十足的帕尔形成强烈的反差。然而在提到和食物有关的事情时，戴亚蒙德就会认真起来，并且他还是制作面宝的专家。尽管看起来非常迟钝，但其冷静的性格却使戴亚蒙德有着非同一般的洞察力，往往会最早发现一些不起眼的小细节，这一点使得他在后面的对战中经常出奇制胜。 拥有宝可梦： 阿龟（草苗龟→树林龟→土台龟），阿比（小卡比兽），阿龙（盾甲龙→护城龙），阿舌（大舌舔），阿猪（象牙猪） 登场章：第七至八章 登场单行本：30~40 | |
帕尔（パール） 帕尔戴亚蒙德从小时候起就是朋友，聪明、机灵而且元气十足的他和同伴戴亚蒙德形成鲜明对比，虽然帕尔经常骂戴亚蒙德和打戴亚蒙德，但他十分珍惜与戴亚蒙德的友谊。不过帕尔有时的急躁也会让他们陷入麻烦之中。在与戴亚蒙德的相声表演中，帕尔一般是逗哏。由于从小接受爸爸的熏陶，帕尔具有幽默的性格。 拥有宝可梦： 小火彦（小火焰猴→猛火猴→烈焰猴），聒噪彦（聒噪鸟），伦琴彦（伦琴猫），泳气彦（泳气鼬），地鼠彦（地鼠），泰罗彦（肯泰罗） 登场章：第七至八章 登场单行本：30~40 | |
普兰汀娜（プラチナ・ベルリッツ） 普兰汀娜·贝尔里慈于出身的贝尔里慈家族是神奥地区最富有的家族，所以她的名字很少被公开，在许多场合被称为大小姐。贝尔里慈家族素有一定年龄的少年登上天冠山顶收集矿物打造家徽的传统。在普兰汀娜开始收集矿物的旅行之前，她与父亲都是真砂镇山梨博士的助手，学习的经历让她对宝可梦有了充分的了解。 拥有宝可梦： 波加曼→波皇子→帝王拿波，小火马→烈焰马，长耳兔，雪妖女，帕奇利兹，樱花儿 登场章：第七至八章 登场单行本：30~40 | |
布莱克（ブラック，暂译）/ 透也 布莱克从小立志要战胜合众地区联盟的所有馆主、四天王和冠军。在发生情况时，他总会用梦蚀的招数“食梦”来清空自己的大脑，并在大脑中出现许多棋盘格，产生敌人的形状，判断方向以来攻击。因为第一次出场时，怀特正在拍摄电影，恰好有一只电蜘蛛捣乱，布莱克搞定了它，却被怀特告知他要赔偿她50倍的修理费，被迫成为“BW"摄影社的社员，跟随怀特四处旅行演出。 拥有宝可梦： 武王（暖暖猪→炒炒猪→炎武王），阿勇（幼猎鹰→空战鹰），梦蚀（食梦梦→梦梦蚀），阿蛛（电蜘蛛），阿肋（原盖海龟→肋骨海龟） 登场章：第十章 登场单行本：43~51 | |
怀特（ホワイト，暂译）/ 透子 怀特是“BW事务所”的社长，在一次拍摄过程中，因偶然遇见布莱克，且他有一只雄的暖暖猪，于是留下他来协助拍摄，因为一只电蜘蛛的捣乱，使布莱克出手击败了它，但却破坏了拍摄现场，怀特只好收他为社员，但布莱克要赔偿怀特50倍的修理费，于是两人踏上了在合众地区的旅程。 拥有宝可梦： 小猪猪（暖暖猪），阿曼达（青藤蛇→君主蛇），桃乐丝（泥巴鱼），单宝（单卵细胞球），娘希（保母曼波），洁西卡（四季鹿），芭芭拉（秃鹰小子） 登场章：第十章 登场单行本：43~51 | |
拉克兹 来自桧扇市的少年，在游戏的开始中会跟童年好友兼劲敌修一起从此开展旅程。很受女孩子欢迎，经常有人和他告白。真实身份是国际刑警搜查官。 拥有宝可梦：炎武王、路卡利欧、风速狗 登场章：第十一章 登场单行本：52~ | |
法伊兹 相当崇拜N，有自己特制的挂饰，一直希望N能归来。在一次比赛中胜出后和拉克兹一起踏上了旅行。 拥有宝可梦：叶皇蛇 登场章：第十一章 登场单行本：52~ | |
艾克斯 幼时是非常厉害的训练师，由于一次失败后被大人们所批判，便变得萎靡不振。 | |
娃伊 艾克斯的青梅竹马，外表美丽动人，梦想成为天空训练家，性格有些急躁，希望自己可以让艾克斯振作起来而在为之努力着。 |
关都四天王 成员：渡、科拿、希巴、菊子 关都四天王首次登场是在小智与小茂进行最后对战的时候。在第二章中，他们作为反派，并称火箭队、阿桔、马志士、夏伯和小智等主角三人一组才能打败其中一人。他们的意图是收集关东地区的八个训练师徽章，获得洛奇亚的力量，建造适合 宝可梦生存的理想之乡。计划失败后随即解散。 | |
城都四天王 成员：一树、梨花、阿桔、希巴 成都四天王在第三章末尾组成。其由能力杰出的、先前隶属于邪恶组织的训练家们组成。一树（原假面人随从）、梨花、阿桔（原火箭队干部）和希巴（原关东四天王成员）四人不再受人控制后，团结一心互相磨砺。他们在第九章的全能竞技赛中再次登场，并于其后与渡的快龙交手。 | |
丰缘四天王及冠军 成员：大吾（前任冠军）、米可利（现任冠军）、芙蓉、花月、波妮、源治 丰缘四天王是由丰缘联盟，名次仅次于冠军的四人所组成。丰缘四天王及两位冠军在第四章中登场，帮助主角一行捕捉了三只传说中的宝可梦（雷吉洛克、雷吉艾斯、雷吉斯奇鲁）来承载固拉多和盖欧卡大战释放出的能量。 | |
神奥四天王及冠军 成员：竹兰（冠军）、阿柳、菊野、大叶、悟松 神奥四天王是由神奥地方的联盟赛，名次仅次于冠军的四人所组成。他们中首个出现的是四天王大叶。其余人物在第八章被协会主席找来，破译冥王备忘录中的古代文字。 | |
合众四天王及冠军 成员：阿戴克（冠军）、樒樒、越桔、莲雾、嘉德丽雅 合众四天王和阿戴克在布莱克表示要打败他们时首次登场。但他们从未在主角面前以一个集体的形式出现。除去早已出现的嘉德丽雅，越桔遇见过布莱克，樒樒遇见过怀特，莲雾在不同的场合分别遇见了布莱克和怀特。 |
坂木（サカキ） 坂木是以关都为据点，暗中活动的秘密组织火箭队的组织者。同时也是常磐市的前任道馆馆长，专长地面系，人称“大地的坂木”。在对战中，坂木反应迅速，能针对各种情况做出妥当的分析。 在本作中，坂木不止实力高深莫测，亦有将身平经验所著成书以传授后人的广阔胸怀，在他身上蕴含着若隐若现的宗师风范。形象和游戏中大致相同，然而特别篇中的坂木更加残酷，乔装试探小智时，他利用铁甲贝的冰技残忍的分裂鸭嘴火龙的躯体。此外他的下属还包括了马志士、阿桔、娜姿三位道馆馆长。 | |
赤焰松（マツブサ） 赤焰松是以丰缘为据点，暗中活动的秘密组织火岩队的首领。性格与水梧桐对比鲜明，自由奔放大胆。实力难以忽视，与水梧桐势均力敌。赤焰松企图操纵固拉多增加陆地面积，却被操控用的宝珠控制。在脱离了宝珠的控制之后，决定与水梧桐一起打倒面前所有的阻碍征服世界。 要求手下称呼他为“头目”。 | |
水梧桐（アオギリ） 水梧桐是以丰缘为据点，暗中活动的秘密组织水舰队的首领。个性冷静，同时冷酷无情。以电视台上层人员为名目掩盖组织的活动，企图找出盖欧卡，并操纵它增加海洋面积。在脱离了宝珠的控制之后，决定与赤焰松一起打倒面前所有的阻碍征服世界。及后第六章再度登场，并利用基拉祈来扩张海洋。 要求手下称呼他为“总帅”。 | |
赤日（アカギ） 赤日是以神奥为据点，暗中活动的秘密组织银河队的组织者。赤日是一位没有情绪的男人，为了摧毁和重建世界而建立银河队。赤日领导着干部伙星、岁星、镇星、冥王，并多在百代市和帷幕市隐匿。后于枪柱召唤帝牙卢卡、帕路奇犽，被戴亚蒙德、帕尔和普兰汀娜打断后，又被骑拉帝纳带入破格的世界。得救后，解散银河队。 |  |
N（N） N是电浆团的重要人物。他将宝可梦称作朋友，并希望将宝可梦与人像黑与白一样分离开来。智商非常高，被称作“数学的魔术师”，可以看到人的过去及未来。据说是宝可梦所生的人类，很爱宝可梦，和人类保持距离。认为自己是完全的存在，因为疏远人类而被人类所畏惧，所以与宝可梦有着非常紧密的关系。 | |
魁奇思（ゲーチス） 魁奇思是电浆团的七贤人之一，也是电浆团的真正的首领。在电浆团袭击联盟的行动中，魁奇思表现出了绝对的实力和冷酷的本性。在N被击败逃走后，魁奇思向布莱克承认自己是N的父亲，同时表示N只是自己的傀儡，自己的真实目的是让宝可梦成为电浆团的专属品。魁奇思还试图杀死布莱克，以防N被击败的事情泄露。义愤填膺的布莱克通过打击魁奇思的弱点击败了魁奇思，并用石刃困住魁奇思，结束了其阴谋。在第十一章中，魁奇思放弃了领导职位，但依旧在电浆团中积极活动。 |
Ⅰ关于《特别篇》中出现的各组织，请移步：火箭队，火岩队，水舰队，银河队 Ⅱ关于《特别篇》中登场的道馆训练家们，请移步：道馆馆主 Ⅲ关于《特别篇》中登场的开拓之脑们，请移步：对战开拓区 Ⅴ关于《特别篇》中登场的其他人物，请移步：大木博士，究极婆婆，空木博士，胡桃，米那君，小田卷博士，小光，亚希达，山梨博士，彩子，亚玄，帅哥，芽米，小麦，红豆杉博士，黑连，白露 |
用语解说
图鉴是训练家持有的，能把新收服到的宝可梦按顺序记录下来的机器。游戏中把图鉴收集完也是所要做的目标之一。见过的记录，查询资料、分布等。
精灵球是训练家用于捕捉或者携带宝可梦所用的一种道具。它们的基本用途都是相同的，但是根据种类的不同也有不同的特殊效果。到处都可以见到球。一个训练家只能携带6只装有宝可梦的球，背包里可以放任意数量的空球。一般情况下，宝可梦都是放在球里的，但是也有不喜欢待在球里的宝可梦。已经有被收服的宝可梦，理论上只能进入当时收服自己的球。球是否容易捕捉到野生宝可梦，取决于捕获率，以及球本身的情况，另外还有对战中的状况。球可以限制里面宝可梦的力量，并且驯化它们，但不一定能让他们听训练家的指挥。
徽章是一个道具，象征着一位训练家战胜一位馆主的实力。训练家该要收集某数的道馆徽章才能有资格参赛地区的联盟，少年的训练家经常会展开旅程，游历城镇来收集徽章。徽章小到可以用大拇指和食指拿起，可以在别一件衬衫或放在徽章盒里。
超进化环是一个重要物品，手镯中央的凹槽里存放着进化钥石，在对战时如果使用超进化，超进化环上的进化钥石会和宝可梦身上的超进化石共鸣，完成超级进化。
章节剧情
特别篇被分为称为章节的数个部分。所谓章节，即是每一章节都有互不隶属的故事，且会有新的主角出现，但和以前的章节还是会有一定的相关性，每个角色、基本设定、感情、时间等，在不同的章节中基本上都是相同的。各章又分为数册和数话。目前，特别篇拥有12个章节，其中9个章节已经完全出版，1个章节部分出版。截至2014年3月，漫画共出版了50册。
————— | 下文记有作品情节、结局或其他相关内容，可能降低欣赏原作时的兴致。 | ————— |
第一章 | 红·绿·蓝篇 | 主角 | 小智、小茂、小蓝 |
回数 | 1－40 | 收录的单行本 | 1－3 |
大木博士后被火箭队绑架以创造超梦。小智、小茂、小蓝三人来到了金黄市与火箭队展开决战。他们成功击败了火箭队并救出了大木博士。小智随后前往石英高原与劲敌小茂对战，已经获得七枚徽章的小智在途中遇到了失踪已久的传奇式人物——常磐道馆训练家兼火箭队首领——坂木，并击败了后者的邪恶生物兵器——超梦。其后，小智与小茂就冠军之位展开争夺，小智获得了胜利，因而收获了冠军。
第2章
第二章 | 黄篇 | 主角 | 小黄、小智、小茂、小蓝 |
回数 | 41－90 | 收录的单行本 | 4－7 |
黄篇在小智收获冠军头衔的两年后开始。小智在接受一位名为希巴的人的挑战后消失了一个月。一天，大木博士发现了小智的皮卡丘皮卡受伤倒在自家门前。在皮卡现身后不久，一名年轻的训练家来到了大木博士的研究所。这名训练家小黄声称自己是小智的朋友，并想带着皮卡一起去寻找小智。尽管大木对其治愈、感受宝可梦情绪的能力持怀疑态度，但大木最终把寻找小智的任务和小智升级过的图鉴托付给了小黄。
然而，这只是一个大阴谋的序幕。小黄不断被四天王袭击。小黄发现四天王的大本营位于深红岛，随即赶往那里，并与小茂、小蓝、夏伯和火箭队的指挥官马志士、娜姿和阿桔相遇。他们决定齐心协力击败四天王。他们发现，以渡为首的四天王的计划，是建立宝可梦的理想国并毁灭除了关都四天王以外的所有人类。他们认为人类和宝可梦是不相容的。小智之后出现，帮助马志士和曾根崎正辉击败了希巴。事后发现，是坂木将小智从冰棺中救了出来。训练家们将他们的力量赋予了小黄，凭借他们联合的实力击败了渡。
第三章 | 金·银·水晶篇 | 主角 | 阿金、阿银、克丽丝 小智、小茂、小蓝、小洛 |
回数 | 91－180 | 收录的单行本 | 8－15 |
关都地区恢复平静。崭新的旅程则在城都地区开始。阿金同自己的宝可梦和家人正过着平静的日子，直到阿金在空木博士的研究所里碰见了一个小偷阿银。借助自大木博士处得到的图鉴和在空木博士处得到的火球鼠，阿金发现了面具男的阴谋。与此同时大木博士派出了正在收集图鉴的“捕获专家”克丽丝塔儿。后者涉足米那君的捕获水君的计划，并正要自己行动。随后，克丽丝塔儿被卷入了面具男捕捉洛奇亚和凤王的计划，而更惊人的是面具男是城都地区的道馆训练家之一。联盟组织了城都和关都地区的导管训练家对抗赛，而面具男出面干预。小智、小茂、小蓝和小黄也先后来到城都地区。之后，阿金、阿银、克丽丝塔儿、小智、小茂、小蓝和小黄击败了面具男和其随从。
第四章 | 红宝石·蓝宝石篇 | 主角 | 路比、莎菲雅 |
回数 | 181－267 | 收录的单行本 | 15－22 |
城都地区和关都地区刚刚恢复平静。丰缘地区，故事围绕着路比和莎菲雅的80天竞争展开。80天内，路比要赢得丰缘地区所有华丽大赛，而莎菲雅要战胜丰缘地区所有的道馆。他们遭遇了丰缘地区的两个邪恶组织——崇尚陆地的火岩队和崇尚海洋的水舰队。水舰队自得文制造股份有限公司的董事长兹伏奇社长处偷来了核心部件，而火岩队则偷到了潜艇探索者一号。火岩队和水舰队决定结盟前往海底洞窟，唤醒了固拉多和盖欧卡，两者开始破坏丰缘地区。与此同时，千里和小光唤醒了烈空坐，而路比和莎菲雅阻止了两邪恶组织的头目水梧桐和赤焰松。最终，道馆训练家们、路比和莎菲雅借助红、蓝宝珠和烈空坐的力量平息了固拉多和盖欧卡的愤怒，一切重归平静。
第五章 | 火红·叶绿篇 | 主角 | 小智、小茂 小蓝、小黄、阿银 |
回数 | 268－302 | 收录的单行本 | 22－26 |
故事主角又变为小智、小茂和小蓝三人。小智和小茂回到了真新镇，但被代欧奇希斯化成的阴影袭击。小蓝在与父母重逢前，其父母突然被黑洞吞噬，小蓝因此昏厥。小智、小茂随后和小蓝一起来到了七岛，其间，他们向极梅老人学习了强力技能。此时的七岛，火箭队三兽士正在大肆破坏，而坂木则捉到了代欧奇希斯。与此同时，阿银和小黄、小智一行人再度相遇，阿银表示他正在调查自己的身世。紧接着，小智同超梦一道，在火箭队的飞行船上挑战了坂木的代欧奇希斯的组合。坂木再次输掉对战，但飞行船失去控制。小智、小茂、小蓝、小黄和阿银一起避免了飞行船的坠毁。火箭队三兽士之一的萨奇再次试图捕获刚刚启程寻找陨石的代欧奇希斯，在前者拿出宝可梦并朝向代欧奇希斯放出奇异的光束时，小智一行和超梦挺身而出挡下了光束，但一行人（除超梦外）被奇异的光线包裹而石化，萨奇随即离开。
第6章
第六章 | 绿宝石篇 | 主角 | 米拉特、路比、莎菲雅 阿金、克丽丝、小智 小茂、小蓝、小黄、阿银 |
回数 | 303－337 | 收录的单行本 | 26－29 |
七之岛骚动约三个月后，对战开拓区开发完成，正筹备着开幕式。突然有名少年被拉帝亚斯及拉帝欧斯带到这里来。名叫米拉特的他，没有携带任何宝可梦却热衷于对战。米拉特随后被克丽丝塔儿和大木博士雇佣，并被指派在7天内、抢在大反派盔甲男之前捕捉基拉祈。以此同时，米拉特也尝试着圆自己制霸七个对战开拓区场馆的梦想。在这期间，米拉特与丰缘地方其他两位图鉴持有者路比和莎菲雅相识。
三位图鉴持有者们在对战开拓区进行着挑战，但这一过程被盔甲男打断，后者控制了对战大君莉拉。在紧接着同米拉特的战斗中，盔甲男将莉拉从其控制中释放出来，并称自己是水舰队的首领水梧桐。盔甲男还称自己捕捉到了基拉祈，随后利用基拉祈召唤出了一个巨型的、由水组成的盖欧卡，后者企图淹没对战开拓区。盔甲男的言行暗示，很长一段时间以来，他不能与身上的盔甲分离。
三位图鉴持有者们在刚刚赶到的阿金和阿银的帮助下逃脱了逐渐上升的水面。阿金解释说，五位被石化的图鉴持有者们——小智、小茂、小蓝、小黄和阿银——已经被船运到了对战开拓区。阿金寄希望于向基拉祈许愿来使其脱离石化。在克丽丝塔儿向路比和莎菲雅传授能够阻止盖欧卡的强大技能的时候，水梧桐抛弃了基拉祈，后者随后来到了米拉特身边。
阿金让米拉特向基拉祈许一个解除众人石化的愿望。基拉祈在了解到米拉特的最真实的愿望——同宝可梦和喜欢宝可梦们的人们成为朋友后，实现了米拉特许下的愿望，五名图鉴持有者们被从石化状态解救出来。小智和阿金随即破坏了水梧桐的盔甲，重创了水梧桐。十名图鉴持有者们团聚，他们集合了自身最强的攻击，击败了盖欧卡。因离开自己的盔甲太久，水梧桐随后消失。
第七章 | 钻石·珍珠篇 | 主角 | 戴亚、帕尔、普兰汀娜 |
回数 | 338－416 | 收录的单行本 | 30－38 |
故事的主人公是大小姐普兰汀娜·贝尔里慈。普兰汀娜为了自己即将到来的成人礼，要到达殿元山顶，采集用来制作自己家族纹章的材料。尽管由于出身富裕的学者大家族，普兰汀娜知识渊博，但其父坚持让两名专业保镖随行。后来，普兰汀娜误认为戴亚蒙德和帕尔是被聘请的她的保镖，而戴亚蒙德和帕尔误认为普兰汀娜是他们之前赢得的神奥全地区旅行的导游。
在他们游历神奥的过程中，普兰汀娜在与道馆训练家瓢太对战以增强自己的圆企鹅的信心后，变得专注于道馆战。普兰汀娜成功地在25天内收获了六枚道馆徽章，布莱恩评价说这已经打破了莎菲雅80天收获8枚道馆徽章的记录。在紧张的备战道馆赛的过程中，山梨博士赠予的普兰汀娜的圆企鹅最终进化成为帝王拿波，另一只宝可梦小火马也进化成了烈焰马。
在帷幕市与银河队相遇后，普兰汀娜变成了银河队的肉票目标，后者企图通过赎金来研发银河炸弹进而摧毁神奥的三大湖。普兰汀娜是各方关注的焦点，这使得自己的两名真正的保镖坠入破格的世界，也使得戴亚蒙德和帕尔在不知情的情况下继续扮演普兰汀娜的保镖。种种迹象在三人来到神和镇并遇见正在考察遗迹的赤日时被进一步坐实。
在与道馆训练家梅丽莎对战并获得道馆徽章后，三人得知普兰汀娜的父亲和山梨博士在水脉市的学术会议上被绑架，随即搭上了梅丽莎的附和气球赶往水脉市。在普兰汀娜的父亲和山梨博士获救后，普兰汀娜得知戴亚蒙德和帕尔并非自己的保镖，这一事实使得三人发生分歧。后普兰汀娜通过揭示自己的真实姓名来表示自己接受二人作为朋友，三人和好。三人决定继续在神奥地区的旅行，以阻止银河队的邪恶计划，并分头行动救出三只湖中的传说宝可梦（由克希、艾姆利多、亚克诺姆）。其后，银河炸弹在立志湖爆破，三只湖中的传说宝可梦最终落入银河队之手，而赤日借机制作出了两条红锁链来召唤出帝牙卢卡和帕路奇犽以创造出新世界。普兰汀娜、戴亚蒙德和帕尔再次会和，击败了银河队并平息了帝牙卢卡和帕路奇犽的愤怒。最后，骑拉帝纳出现，将赤日、帝牙卢卡和帕路奇犽拖入了枪柱上空的破格的世界的入口。
第八章 | 白金篇 | 主角 | 普兰汀娜、戴亚、帕尔 |
回数 | 417－441 | 收录的单行本 | 38－40 |
本章继续大小姐普兰汀娜·贝尔里慈的故事，与戴亚蒙德和帕尔分开后，普兰汀娜来到了对战开拓区并遇见了身为国际刑警组织一员、正在搜寻银河队的情报的探员“帅哥”，后者同时开始帮助普兰汀娜调查两名保镖所在的破格的世界的有关信息。为达此目的，普兰汀娜挑战开拓之脑们，以期获得更多有关破格的世界的信息。其间，普兰汀还结识了帕尔的父亲，对战大君桄榔。银河队余党冥王，则开始了其捕捉神奥地区传说宝可梦的计划，首先便捕获了席多蓝恩。
与此同时，戴亚蒙德和帕尔则跟随足迹博士和神奥宝可梦联盟主席踏上旅程，并在旅途中碰到了洛托姆，后者加入了他们的旅行队伍。随后，骑拉帝纳在百代市出现，并通过技能影子潜水使正在救助帕尔的戴亚蒙德消失，戴亚蒙德之后发现自己来到了破格的世界并遇见了赤日。身处对战开拓区的普兰汀娜同对战大君桄榔、亚玄、小麦和芽米一起进入了破格的世界，随后一行人团聚。冥王的阴谋仍在继续，骑拉帝纳在滨海市出现随后被打败，但冥王最终被帅哥逮捕。赤日在事后悔悟，解散了银河队。
第九章 | 心金·魂银篇 | 主角 | 阿金、阿银、克丽丝 |
回数 | 442－460 | 收录的单行本 | 41－43 |
*本章为本系列首次采用逆流时间轴，时间设定在第七章（钻石·珍珠篇）数年前。 | |||
阿金在绿宝石篇结束后重返城都地区，后又带着大木博士所交待的秘密任务跟随小茜来到全能竞技赛赛场，在参加宝可梦全能竞技赛时遇上新 的城都四天王。获胜后，阿金说明了自己的目的：与前任关东四天王之一的渡接头，了解火箭队与阿尔宙斯信息。其后，阿金遭遇了渡失控的快龙。在打倒快龙之后，阿金前往圆朱市，后又追随突然出现的阿尔宙斯来到了神都遗迹。
另一方面，阿银获得了阿尔宙斯和阿尔宙斯的令牌的有关信息，并在野生原野区与克丽丝塔儿再次见面，其后又发现了石板的用途。克丽丝塔儿则追踪着阿尔宙斯，与阿金、阿银重新在神都遗迹会面。神都遗迹的三幻舞台上，火箭队成员阿波罗迫使阿尔宙斯再次创造时空神话的宝可梦（即帝牙卢卡、帕路奇犽和骑拉帝纳）。这时，坂木、渡和柳伯出现，火箭队的计划被几人合力终止。在神奥地区，冠军希罗娜目睹了帕鲁迪亚和迪亚鲁加飞往神奥的身影后，又与帕尔的父亲——身为开阔之脑的桄榔——相遇。同在神奥，彩子发现自己的儿子已出发参加滑稽竞赛。
第十章 | 黑·白篇 | 主角 | 布莱克（ブラック） 怀特（ホワイト） |
回数 | 461－524 | 收录的单行本 | 43－51 |
以称霸合众联盟为目标的布莱克，带着波卡（暖暖猪）等宝可梦踏上旅程，途中遇上“BW事务所”社长怀特，后者为了完成暖暖猪的电影制作，所以借布莱克的雄性暖暖猪进行拍摄工作，拍摄时突然遇到宝可梦的袭击。为了查明真相，布莱克借助食梦梦的技能食梦，并进行推理，找出了袭击的对象—电蜘蛛，并将其击败。但布莱克却被怀特告知要赔偿她50倍的修理费，不得已成为“BW事务所”摄影公司的社员，跟随怀特四处旅行拍摄兼挑战道馆。布莱克最终获得冠军，并获得雷希拉姆认可，击败了N和捷克罗姆，打败了身为电浆团的七贤人之一、电浆团的真正首领的魁奇思。
第11章
第十一章 | 黑2·白2篇 | 主角 | 拉克兹（ラクツ） 法伊兹（ファイツ） 布莱克、怀特 |
回数 | 525－ | 收录的单行本 | 52－ |
合众联盟事件结束两年后，等离子队再次卷土重来，少年国际刑警拉克兹为了调查与两年前事件相关的等离子队成员，而潜入桧扇市的训练家学园卧底。与此同时，神秘的少女转学生怀兹也转到了这间学校，她的真实身份并是拉克兹要找的前等离子队成员。
第十二章 | X·Y篇 | 主角 | 艾克斯（エックス）、娃依（ワイ） |
回数 | X,Y特别篇 | 收录的单行本 | X,Y特别篇 |
X·Y篇的主角是一名曾在儿时赢得一场重要锦标赛的失落男孩艾克斯，和梦想成为天空训练家的女孩娃依。
出版信息
册数 | 日文版ISBN | 大陆版ISBN | 台湾版ISBN | 香港版ISBN |
1 | 4-09-149331-9 | 7-5386-1742-9 | 957-595-395-9 | 962-8712-29-2 |
2 | 4-09-149332-7 | 7-5386-1742-9 | 957-595-507-2 | 962-8712-63-2 |
3 | 4-09-149333-5 | 7-5386-1742-9 | 957-595-651-6 | 962-8760-02-5 |
4 | 4-09-149334-3 | 7-5386-1742-9 | 957-595-814-4 | 962-8760-03-3 |
5 | 4-09-149335-1 | 7-5386-1742-9 | 957-595-955-8 | 962-8760-04-1 |
6 | 4-09-149336-X | 7-5386-1742-9 | 957-509-058-6 | 962-8760-05-X |
7 | 4-09-149337-8 | 7-5386-1742-9 | 957-509-393-3 | 962-8786-67-9 |
8 | 4-09-149338-6 | 7-5386-1742-9 | 957-509-478-6 | 962-8822-15-2 |
9 | 4-09-149339-4 | 7-5386-1742-9 | 957-509-554-5 | 962-8822-39-X |
10 | 4-09-149340-8 | 7-5386-1742-9 | 957-509-697-5 | 962-8822-69-1 |
11 | 4-09-149711-X | 7-5386-1742-9 | 957-509-886-2 | 962-8822-93-4 |
12 | 4-09-149712-8 | 7-5386-1742-9 | 957-509-991-5 | 962-8906-13-5 |
13 | 4-09-149713-6 | 7-5386-1742-9 | 986-156-097-1 | 962-8906-29-1 |
14 | 4-09-149714-4 | 7-5386-1742-9 | 986-156-196-X | 962-8906-40-2 |
15 | 4-09-149715-2 | 7-5386-1816-7 | 986-156-224-9 | 962-8906-56-9 |
16 | 4-09-149716-0 | 7-5386-1816-7 | 986-156-266-4 | 962-8906-69-7 |
17 | 4-09-149717-9 | 7-5386-1816-7 | 986-156-457-8 | 962-8906-93-2 |
18 | 4-09-149718-7 | 7-5386-1816-7 | 986-156-607-4 | 962-8981-03-8 |
19 | 4-09-149719-5 | 7-5386-1816-7 | 986-156-731-3 | 962-8981-11-3 |
20 | 4-09-149720-9 | 7-5386-1816-7 | 986-156-885-0 | 962-8981-21-2 |
21 | 4-09-140096-5 | 7-5386-1816-7 | 986-209-036-7 | 962-8981-31-1 |
22 | 4-09-140228-3 | 7-5386-2258-4 | 986-209-190-6 | 962-8981-40-3 |
23 | 4-09-140254-2 | 7-5386-2258-4 | 986-209-348-1 | 962-8981-46-5 |
24 | 4-09-140318-6 | 7-5386-2258-4 | 986-209-434-1 | 962-8981-52-6 |
25 | 4-09-140329-2 | 7-5386-2258-4 | 986-209-682-6 | 962-8981-60-1 |
26 | 4-09-140366-7 | 7-5386-3121-0 | 986-209-783-0 | 962-8981-66-3 |
27普通版 | 4-09-140398-8 | 7-5386-4091-5 | 986-256-006-8 | 962-8981-71-7 |
27限定版 | 4-09-159050-3 | （未出版） | （未出版） | （已出版） |
28 | 4-09-140456-5 | 7-5386-4185-1 | 986-256-090-7 | 962-8981-85-4 |
29 | 4-09-140743-6 | 7-5386-5170-6 | 986-256-332-8 | 962-8981-98-4 |
30 | 4-09-140770-2 | 7-5386-6018-0 | 986-256-512-4 | 988-8044-05-4 |
31 | 4-09-140799-3 | 7-5386-4815-7 | 986-256-634-3 | 988-8044-15-3 |
32 | 4-09-140839-6 | 7-5386-6952-7 | 986-256-745-6 | 988-8044-26-9 |
33 | 4-09-140868-6 | 7-5386-7185-4 | 986-256-880-4 | 988-8044-37-5 |
34 | 4-09-140887-7 | 7-5386-5863-7 | 986-310-072-0 | 988-8044-43-6 |
35 | 4-09-141057-3 | 7-5386-8191-4 | 986-310-125-3 | 988-8044-51-1 |
36 | 4-09-141118-1 | 7-5386-8305-4 | 986-310-186-4 | 988-8044-58-0 |
37 | 4-09-141207-2 | 7-5386-9869-5 | 986-310-260-1 | 988-8044-63-4 |
38 | 4-09-141208-9 | （未出版） | 986-310-402-5 | 988-8044-66-5 |
39 | 4-09-141314-7 | （未出版） | 986-310-517-6 | 988-8044-71-9 |
40 | 4-09-141468-7 | （未出版） | 986-310-633-3 | 988-8044-81-8 |
41 | 4-09-141497-7 | （未出版） | 986-310-873-3 | 988-8044-83-2 |
42 | 4-09-141537-0 | （未出版） | （已出版） | 988-8044-90-0 |
43 | 4-09-141583-7 | （未出版） | （未出版） | （未出版） |
44 | 4-09-141644-5 | （未出版） | （未出版） | （未出版） |
45 | 4-09-141684-1 | （未出版） | （未出版） | （未出版） |
46 | 4-09-141688-9 | （未出版） | （未出版） | （未出版） |
47 | 4-09-141587-5 | （未出版） | （未出版） | （未出版） |
48 | 4-09-141625-4 | （未出版） | （未出版） | （未出版） |
49 | 4-09-141699-5 | （未出版） | （未出版） | （未出版） |
50普通版 | 4-09-141708-4 | （未出版） | （未出版） | （未出版） |
50限定版 | 4-09-159185-2 | （未出版） | （未出版） | （未出版） |
51 | 4-09-141809-8 | （未出版） | （未出版） | （未出版） |
52 | 4-09-141894-4 | （未出版） | （未出版） | （未出版） |
X・Y先行版1 | 4-09-141779-4 | （未出版） | （未出版） | （未出版） |
X・Y先行版2 | 4-09-141837-1 | （未出版） | （未出版） | （未出版） |
社会反响
《宝可梦特别篇》的日文版在日本国内漫画市场多次表现优异。英文版《宝可梦特别篇》的第一册登上了美国亚文化领域业界情报网站ICv2“2008年4月绘画小说前20名”榜单。《宝可梦特别篇》赢得了2009年第一届尼克国际儿童频道连环画奖“最受欢迎的漫画系列”奖。Media Factory出版的综合文艺杂志达芬奇发起的读者投票，其中，在最想看到动画改编版的漫画作品中，《宝可梦特别篇》位列第三。
ICv2的评论家尼克·史密斯给予了漫画3.5星的评价（满分5星），并称漫画中的一些部分使得其比动画作品更加有趣，例如火箭队的登场、皮卡丘叛逆的性格等。尽管他指出漫画中的暴力元素比动画中要多，他还是向所有年龄段的读者推荐了《宝可梦特别篇》。Active Anime的斯科特·坎贝尔给出了相似的评价，并表示自己喜欢漫画中的小智和动画中的小智相比拥有能力和性格上的诸多不同，这使得漫画中的小智看上去更加有趣。作品的作画被描述成“有些矫揉造作、有些滑稽、但依旧是高质量的作品”。
2011年8月6日，单行本第14册在发行的第一个周末登上了《纽约时报》最畅销的漫画榜第十名。
宝可梦股份有限公司首席执行官石原恒和说：“我期望每一位宝可梦迷都能欣赏这部漫画！
关联作品
汤山邦彦执导，1996年开始在电视上播放的动画及相关电影、短篇集、放送局和特别篇的统称。立志成为宝可梦大师的小智，和皮卡丘一起踏上旅途。一路上，小智邂逅了不少同伴、劲敌、好友，和他们展开了一次又一次冒险。目前有五部：无印篇、AG、DP、BW、XY。